To Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αιγαίου βρίσκεται στη Σάμο και συγκεκριμένα στο Καρλόβασι. Το Καρλόβασι, έδρα της Σχολής Θετικών Επιστημών είναι μία σύγχρονη νησιωτική πόλη (με 10.000 κατοίκους) με παρελθόν, παρόν και μέλλον. Έχει μεγάλη αγορά και υπηρεσίες, καθώς και αξιόλογη τουριστική υποδομή. Εξαιρετική είναι η πολιτισμική κληρονομιά της περιοχής, που διατηρεί αναλλοίωτες τις εικόνες ενός εκλεπτυσμένου παρελθόντος. Η πόλη διαθέτει καταπράσινα χωριά, οργιώδη βλάστηση, πεντακάθαρες παραλίες και παρθένα μέρη με άγρια ομορφιά.
Το νησί της Σάμου έχει καθημερινή επικοινωνία με το λιμάνι του Πειραιά και των αεροπορικών αερογραμμών "Aegean" και "Astra Airlines". Υπάρχουν δύο κύρια λιμάνια, στο Καρλόβασι και στο Βαθύ, την πρωτεύουσα της Σάμου. Το αεροδρόμιο βρίσκεται στη νοτιανατολική πλευρά του νησιού, στο Πυθαγόρειο. Το Βαθύ απέχει από το Καρλόβασι περίπου 35Κm και το Πυθαγόρειο απέχει από το Βαθύ περίπου 17Κm. Στο Καρλόβασι μπορεί να φτάσει κάποιος είτε μέσω Πύργου, είτε μέσω Βαθέως. Με αυτοκίνητο η απόσταση από το αεροδρόμιο προς το Καρλόβασι είναι περίπου 45 λεπτά. Οι φοιτητές του Τμήματος Μαθηματικών μπορούν να εξυπηρετηθούν για την μετακίνηση τους και από το λεωφορείο του Δήμου Καρλοβάσου.
Tα νησιά του Αιγαίου διαθέτουν κτιριακό πλούτο μεγάλης ιστορικής και αρχιτεκτονικής αξίας. Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου έχοντας ως επιδίωξη τη στέγαση των δραστηριοτήτων του σε υφιστάμενα κτίρια των νησιών αξιοποιεί μέρος αυτού του πλούτου και συντελεί στη διάσωση της εθνικής μας κληρονομιάς. Το Πανεπιστήμιο διαθέτει στη Σάμο τα ακόλουθα κτίρια:
Δήμος Καρλοβάσου:
- Ηγεμονικό Μέγαρο (Γραφεία Καθηγητών & Γραμματεία Τμήματος Μαθηματικών, Ακαδημαϊκή Γραμματεία Τμήματος Μαθηματικών, Γραμματεία Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών "Σπουδές στα Μαθηματικά", Οικονομική Υπηρεσία).
- Κτίριο Βουρλιώτη - Γραφεία Καθηγητών & Γραμματεία Τμήματος Στατιστικής και Αναλογιστικών – Χρηματοοικονομικών Μαθηματικών.
- Κτίριο Περιφερειακής Διεύθυνσης (Περιφερειακή Διεύθυνση Πανεπιστημιακής Μονάδας Σάμου, Γραμματεία Σχολής Θετικών Επιστημών, Γραφεία Καθηγητών & Γραμματεία Τμήματος Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων, Εργαστήρια Η/Υ)
- Κτίριο Μόραλη (Γραφεία Καθηγητών Τμήματος Μαθηματικών).
- Κτίριο Προβατάρη (Αμφιθέατρο, Γραφεία Καθηγητών).
- Κτίριο (πρώην) Ψαθά (Γραφεία).
- Κτίριο (πρώην) Παπανικολάου (Γραφεία Μεταπτυχιακών Φοιτητών/τριών).
- Κτίριο Εμπορικής Σχολής (Αίθουσες Διδασκαλίας, Κέντρο Πληροφορικής).
- Σχολικό Συγκρότημα Μεσαίου Καρλοβάσου (Αίθουσες Διδασκαλίας).
- Κτίριο Πολυμέσων (Εργαστήριο Πολυμέσων).
- Χατζηγιάννειο (Βιβλιοθήκη).
- Φοιτητική Λέσχη – Αίθουσα Προβολών.
- Κτίριο (πρώην) Κατσίκα (Τεχνική Υπηρεσία).
- Ταμπάκικα (Απαλλοτριωθείσα έκταση).
Δήμος Βαθέος:
- Μανιάκειο Ίδρυμα (Αίθουσα Σεμιναρίων, Γραφεία Καθηγητών)